zaloguj si─Ö   |    mapa strony   |
RSS
SmodCMS

Wybrane publikacje - Dr in┼╝. Joanna Zyprych-Walczak

Sta┼╝e zagraniczne

1.      Institute for Genomic and Bioinformatics Graz University of Technology. Kurs mikromacierzy po┼é─ůczony z konsultacj─ů naukow─ů 1-30.8.2008 r.

2.      William&Mary College, Williamsburg, Stany Zjednoczone. Research Experience for Undergraduates Summer Programs – Szko┼éa letnia z algebry organizowana przez prof. Charles’a Johnsona 1.06 – 24.07.2010  – stanowisko: mentor. Zako┼äczone prac─ů pt: „On class of totalny unimodular matrices” – Turner B., supervised by Johnson Ch., Zyprych J.

3.      Uniformed Services University of the Health Sciences, Waszyngton, Stany Zjednoczone, Sta┼╝  naukowy – wrzesie┼ä 2010.

4.      Functional Genomic Center , Zurich, Szwajcaria. Wspó┼épraca naukowa: luty – kwiecie┼ä 2011.

 

Udział w konferencjach krajowych i międzynarodowych oraz warsztatach

1.       XII Mi─Ödzynarodowe Warsztaty  dla M┼éodych Matematyków, wrzesie┼ä 2003 - Teoria Operatorów

2.       International Study Group Mathematics with Industry 2007, Workshop 27; Holandia, Utrecht,  29.01.2007 - 2.02.2007– udzia┼é w warsztatach zako┼äczony publikacj─ů: Bijvank M., Byrka J., Olejniczak T., Zyprych J., ┼Üwist T. i in. (2007). „Cabin crew rostering at KLM: optimization of  reserves”

3.       XXXVII Biometrical Colloquium; Dymaczewo 11-13.09.2007

4.       International Study Group Mathematics with Industry 2008 - Workshop 28; Holandia 1.02.2008– udzia┼é w warsztatach

5.       First Conference of the Central European Network 54. Biometrisches Kolloquium; Lifestat 2008 - Statystyka w naukach przyrodniczych: Perspektywy i wyzwania; Monachium 10 - 14.03.2008. Poster: Zyprych J., Siatkowski I.„Analyse von Strukturbloecken mit Nachbarschaftseffekten”

6.       The 38th International Biometrical Colloquium, Poster i publikacja: Zyprych J., Siatkowski I.: “Przeglad analiz stosowanych w eksperymencie mikromacierzowym”, Warszawa, 8-11.09.2008.

7.       International Study Group Mathematics with Industry 2009 - Workshop 29; Wageningen, Holandia 26.01.2009 - 31.01.2009– udzia┼é w warsztatach

8.       MAT-TRIAD'09 , March 23-27, 2009 w B─Ödlewie - Analysis of cDNA microarray experiments - Idzi Siatkowski and Joanna Zyprych – poster

9.       XXXIX Mi─Ödzynarodowe Colloquium Biometryczne, 6-10 wrze┼Ťnia 2009 r. Kazimierz Dolny nad Wis┼é─ů. - Siatkowski Idzi, Goszczurna Teresa, Szabelska Alicja, Zyprych Joanna  “Coefficients of dissimilarity and similarity with applications”- poster,  Siatkowski Idzi, Zyprych Joanna, Handschuh Luiza, Figlerowicz Marek “The methods of normalization used in the analysis of two-color microarrays” – poster + praca

10.   ROeS Seminar 2009, 14 – 17 wrze┼Ťnia 2009 r.  Linz (Austria) - Joanna Zyprych“The Methods of Analysis in cDNA Microarray Experiments” - referat zaproszony.

11.   XII Mi─Ödzynarodowe Warsztaty dla M┼éodych Matematyków "Rachunek Prawdopodobie┼ästwa i Statystyka", 20-26 wrze┼Ťnia 2009 r. Kraków.

12.   Warszawski Zlot u┼╝ytkowników R 2.0, Uniwersytet Warszawski, 3-4 pa┼║dziernika  2009 r. Warszawa. – "Problemy spotkane na drodze analizy danych mikromacierzowych" – referat.

13.   Mikromacierze w badaniu ekspresji genów: Narz─Ödzie w naukach podstawowych i klinicznych. „Badanie profilu ekspresji genów u chorych na ostr─ů bia┼éaczk─Ö szpikow─ů”Luiza Handschuh, Barbara Cegielska, Maciej Ka┼║mierczak, Joanna Zyprych, Krzysztof Lewandowski, Idzi Siatkowski, Mieczys┼éaw Komarnicki, Marek Figlerowicz, 18-20 listopada 2009. Gliwice. Referat –wspó┼éautorstwo.

14.   XXXV Konferencja Statystyka Matematyczna, Wis┼éa, 07-11 grudzie┼ä 2009, “Wybrane testy statystyczne w selekcji genów”, Siatkowski I., Szabelska A., Zyprych J.  Wspó┼éautorstwo referatu.

15.  International Study Group Mathematics with Industry 2010 - Workshop 30; - udzia┼é w warsztatach zako┼äczony publikacj─ů: “Modeling and optimization of algae growth” Thornton A., Szabelska A., Zyprych J. et all.- Amsterdam, Holandia 25.01.2009 - 29.01.2010

16.   14th Quantitative Trait Locus and Marker Assisted Selection Workshop, Pozna┼ä, 17-18 maj 2010 - udzia┼é w konferencji.

- “Overview of growth models in R”, Szabelska A., Siatkowski M., Goszczurna T., Zyprych J. (POSTER - wspó┼éautorstwo)  

- “Analiza zró┼╝nicowania genetycznego odmian i klonów koniczyny bia┼éej (Trifolium Repens L.) przy u┼╝yciu markerów molekularnych”, Tomkowiak A., Szabelska A., Zyprych J., Broda Z., Siatkowski I. (POSTER - wspó┼éautorstwo)  

                               -   “Morfological analysis of inflorescence mutants inalfalfa (Medicago sativa L.sl.) with the respect to seed yield traits”, Weigt D., Alicja Szabelska A., Zyprych J., Siatkowski I., Broda Z., B─Ödlewo,                  29-02 wrze┼Ťnia 2009   roku.   (POSTER - wspó┼éautorstwo) 

                          -    “Gene’s selection based on statistical tests”, Zyprych J., Szabelska A., Siatkowski I.(POSTER - wspó┼éautorstwo)

           17. XXXX Mi─Ödzynarodowe Colloquium Biometryczne, B─Ödlewo, 29-02 wrzesie┼ä 2009.

           18. Bioconductor European Developers' Workshop, Manchester, 8-9 grudnia 2011. 

           19. Kongres Statystyki Polskiej, Pozna┼ä, 18-20.04.2012. Joanna Zyprych-Walczak, Alicja Szabelska, Idzi Siatkowski  - Metody selekcji genów uwzgl─Ödniaj─ůce korelacj─Ö pomi─Ödzy genami - prezentacja

       

 

 

 

Publikacje w czasopismach z listy filadelfijskiej i monografie

 

1. Piekarska-Boniecka H., Siatkowski I, Zyprych J. (2010). Model for bionomy of privet sawfly (Macrophya punctumalbum L.). Acta Sci. Pol., Hortorum Cultus 9(3), 161-166  (wg punktacji MniSzW – 9 pkt, IF: 0,547).

2. Schmidt M. T.,  Handschuh L.,  Zyprych J., Szabelska A.,  Olejnik-Schmidt K. A., Siatkowski I., Figlerowicz M. (2011). Impact of DNA microarray data transformation on gene expression analysis — comparison of two normalization methods. Acta Biochimica Polonica 58(4), 573 – 580 (wg punktacji MniSzW – 20 pkt, IF: 1,234).

3. Okoniewski M.J, Lesniewska A., Szabelska A., Zyprych-Walczak J., Ryan M., Wachtel M., Morzy T., Schäfer B., Schlapbach R. (2011). Preferred analysis methods for single genomic regions in RNA sequencing revealed by processing the shape of coverage.Nucleic Acids Research. doi: 10.1093/nar/gkr1249 (wg punktacji MniSzW – 32 pkt,IF: 7,836).

4.  Uszczy┼äska B., Zyprych-Walczak J., Handschuh L., Szabelska A., Ka┼║mierczak M., Woronowicz W., Koz┼éowski P., Sikorski M.M., Komarnicki M., Siatkowski I., Figlerowicz M. (2013). Analysis of boutique arrays: A universal method for the selection of the optimal data normalization procedure. International Journal of Molecular Medicine 32(2): 668-84. (wg punktacji MniSzW – 20 pkt,IF: 2,7)

5.  Zyprych-Walczak J., Szabelska A., Handschuh L., Górczak K., Klamecka K., Figlerowicz M., Siatkowski I. (2015). The Impact of Normalization Methods on RNA-Seq Data Analysis. BioMed Research International [Journal of Biomedicine and Biotechnology].http://dx.doi.org/10.1155/2015/ 621690. (wg punktacji MniSzW – 25 pkt,IF: 2,583).

6.  Piekarska-Boniecka H.,  Siatkowski I.Zyprych-Walczak J., Trzci┼äski P., Rza┼äska-Wieczorek M. (2017). The phenology of occurrence of dominant predatory Syrphidae (Diptera) species in apple orchards and on their edges. Acta Sci. Pol. Hortorum Cultus, 16(1), 23–38. (wg punktacji MniSzW – 20 pkt, IF: 0,550).

7.  Siatkowski, I., Zyprych-Walczak, J. (2018). R w analizie statystycznej dla przyrodników. Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, Pozna┼ä, Poland. ISBN 978-83-7160-899-5, ss.121.

8.  Piekarska-Boniecka H., Zyprych-Walczak J., Siatkowski I.Dola┼äska-Niedba┼éa E., Trzci┼äski P., Rza┼äska-Wieczorek M., Tran Dinh D. (2018). The Impact of Apple Orchard Edge Plants on Communities of Pimplinae (Hymenoptera, Ichneumonidae).  J. Entomol. Res. Soc., 20(2): 43–59.  (wg punktacji MniSzW – 15 pkt, IF: 0,293)

9.  Piekarska-Boniecka, H., Zyprych-Walczak, J., Rza┼äska-Wieczorek, M., Tran Dinh, D., Siatkowski, I. (2018). The number and abundance of ichneumonidae (Hymenoptera, Apocrita) subfamilies occurring in apple orchards and on their edges. Acta Sci. Pol. Hortorum Cultus, 17(2), 93–103. DOI: 10.24326/asphc. 2018.2.8. (wg punktacji MniSzW – 20 pkt, IF: 0,550).

10. Obr─Öpalska-St─Öplowska A., Zmienko A., Wrzesi┼äska B., Goralski M., Figlerowicz M., Zyprych-Walczak J., Siatkowski I., Pospieszny H. (2018). The Defense Response of Nicotiana benthamiana to Peanut Stunt Virus Infection in the Presence of Symptom Exacerbating Satellite RNA. Viruses 10(9), 449. https://doi.org/10.3390/v10090449. (wg punktacji MniSzW – 20 pkt, IF: 3,353)

11.  Le┼Ťniewska A., Zyprych-Walczak J., Szabelska-Ber─Ösewicz A., Okoniewski M. J. (2018). Genes sharing the protein family domain decrease the performance of classification with RNA-seq genomic signatures. Biology Direct, 13 (1), 3, doi: 10.1186/s13062-018-0205-x. (wg punktacji MniSzW – 35 pkt, IF: 2,856)

12.  Ber─Ösewicz M., Alvarez A., Biecek P., Dyderski M. K., Kosi┼äski M., Nowosad J., Rotter K., Szabelska-Ber─Ösewicz A., Szymkowiak M., Wawrowski ┼ü., Zyprych-Walczak J. (2017). Conference Report: European R Users Meeting 2016. The R Journal, 9 (1), 501-504. (wg punktacji MniSzW – 30 pkt, IF: 1,075)

 

Publikacje w czasopismach spoza listy filadelfijskiej  oraz artyku┼éy w materia┼éach konferencyjnych

   

1.     Bijvank M., Byrka J., Olejniczak T., Zyprych J., ┼Üwist T. et all. (2007). Cabin crew rostering at KLM: optimization of reserves. Proceedings of the 58th European Study Group Mathematics with Industry, 27-44.

2.    Hochstenbach  M., Hoede  K., Meinsma  G., Meijer  H., Zyprych J. I in. (2008). Neutral spike sorting with spatio-temporal features. Proceedings of the 59th European Study Group Mathematics with Industry.

3.    Siatkowski I., Zyprych J. (2008). Przegl─ůd analiz stosowanych w eksperymencie mikromacierzowym. Colloquium Biometricum, 38, 231-246 (wg punktacji MniSzW – 6 pkt).

4.    Marczy┼äska, Szczepa┼äska, Zyprych, Zimmer, Doeswijk T. (2009). An objective method to associate local weather extremes with characteristic circulation structures. Proceedings of the 59th European Study Group Mathematics with Industry. 

5.    Siatkowski I., Zyprych J., Handschuh L., Figlerowicz M. (2009). The methods of normalization used in the analysis of two-color microarrays. Colloquium Biometricum 39, 9-19 (wg punktacji MniSzW – 6 pkt).

6.    Thornton A., Szabelska A., Zyprych J. at all., (2010). Modeling and optimization of algae growth.  Proceedings of the 72th European Study Group Mathematics with Industry, 54-83.    

4.    Siatkowski I., Goszczurna T., Szabelska A., Zyprych J. (2010). Wspó┼éczynniki podobie┼ästwa i niepodobie┼ästwa w zastosowaniach. Colloquium Biometricum, 40, 13-23 (wg punktacji MniSzW – 6 pkt).

5.    Szabelska A., Siatkowski M., Goszczurna T., Zyprych J. (2010). Comparison of growth models in package R. Nauka Przyroda Technologia 4, 4, #50 (wg punktacji MniSzW – 6 pkt).

6.    Piekarska-Boniecka H., Siatkowski I., Zyprych J. (2010). Comparison of the collecting of the parasitoids belonging to the Pimplinae subfamily (Hymenoptera, Ichneumonidae). Polish Journal of Entomology 79(3), 283-290 (wg punktacji MniSzW – 6 pkt).

7.    Siatkowski M., Szabelska A., Zyprych J. Weres J., Kujawa S. (2010).  Growth curve functions in modeling the thin-layer drying of corn. Agricultural Engineering 6(124), 89-95 (wg punktacji MniSzW – 2 pkt).

8.    Zyprych-Walczak J., Szabelska A., Siatkowski I. (2011). Application of statistical tests in gene selection problems. Biometrical Letters 48(2), 113-121 (wg punktacji MniSzW – 8 pkt).    

9.    Tomkowiak A., Szabelska A., Zyprych J., Broda Z., Siatkowski I. (2012). Analiza zró┼╝nicowania genetycznego odmian, klonów koniczyny bia┼éej (Trifolium Repens L.) przy u┼╝yciu markerów molekularnych. Nauka Przyroda Technologie 6, 4, #79 (wg punktacji MniSzW – 5 pkt).  

10    Szabelska A., Zyprych-Walczak J., Siatkowski I. (2012). Application of linear mixed models in the selection of genes from microarray experiments with repeated measurements. Colloquium Biometricum 42, 103-109.  (wg punktacji MniSzW – 5 pkt).  

11.   Tomkowiak A., Weigt D., Broda Z., Miko┼éajczyk S., Szabelska A., Zyprych J., Siatkowski I. (2013). Analiza zwi─ůzku pomi─Ödzy podobie┼ästwem genetycznym a fenotypowym mutantów kwiatostanu lucerny. Nauka Przyroda Technol. 7, 3, #34. (wg punktacji MniSzW – 5 pkt).  

12.   Górczak K., Klamecka K., Szabelska A., Zyprych – Walczak J., Siatkowski I. (2014). Graphical methods for differential analysis of rna-seq data. Colloquium Biometricum 44, 167-181.  (wg punktacji MniSzW – 5 pkt).  

13.  Szenajch J., Góralski M., Swiercz A., Szabelska A., Zyprych-Walczak J., Synowiec A., Siatkowski I., Handschuh L. (2016). Zmiany w ekspresji szlaków sygna┼éowych uczestnicz─ůce w wykszta┼écaniu nabytej w obecno┼Ťci erytropoetyny oporno┼Ťci na cisplatyna i paklitaksel w komórkach ludzkiego raka jajnika. Nowotwory 66(2), 50. ID: 1824.  (wg punktacji MniSzW – 9 pkt).  

14.  Ró┼╝a┼äska-Zawieja J., Szabelska-Ber─Ösewicz A., Sobek Z., Nienartowicz-Zdrojewska A., Zyprych-Walczak J., Siatkowski I.(2017). Wp┼éyw wielko┼Ťci grup ojcowskich i stad na optymaln─ů ocen─Ö wspó┼éczynnika odziedziczalno┼Ťci d┼éugo┼Ťci ci─ů┼╝y u byd┼éa.  Roczniki Naukowe Polskiego Towarzystwa Zootechnicznego 13(1), 9–17. (wg punktacji MniSzW – 7 pkt). 

 

    

Wersja do druku