Wybrane publikacje - Dr inż. Joanna Zyprych-Walczak
Staże zagraniczne
1. Institute for Genomic and Bioinformatics Graz University of Technology. Kurs mikromacierzy połączony z konsultacją naukową 1-30.8.2008 r.
2. William&Mary College, Williamsburg, Stany Zjednoczone. Research Experience for Undergraduates Summer Programs – Szkoła letnia z algebry organizowana przez prof. Charles’a Johnsona 1.06 – 24.07.2010 – stanowisko: mentor. Zakończone pracą pt: „On class of totalny unimodular matrices” – Turner B., supervised by Johnson Ch., Zyprych J.
3. Uniformed Services University of the Health Sciences, Waszyngton, Stany Zjednoczone, Staż naukowy – wrzesień 2010.
4. Functional Genomic Center , Zurich, Szwajcaria. Współpraca naukowa: luty – kwiecień 2011.
Udział w konferencjach krajowych i międzynarodowych oraz warsztatach
1. XII Międzynarodowe Warsztaty dla Młodych Matematyków, wrzesień 2003 - Teoria Operatorów
2. International Study Group Mathematics with Industry 2007, Workshop 27; Holandia, Utrecht, 29.01.2007 - 2.02.2007– udział w warsztatach zakończony publikacją: Bijvank M., Byrka J., Olejniczak T., Zyprych J., Świst T. i in. (2007). „Cabin crew rostering at KLM: optimization of reserves”
3. XXXVII Biometrical Colloquium; Dymaczewo 11-13.09.2007
4. International Study Group Mathematics with Industry 2008 - Workshop 28; Holandia 1.02.2008– udział w warsztatach
5. First Conference of the Central European Network 54. Biometrisches Kolloquium; Lifestat 2008 - Statystyka w naukach przyrodniczych: Perspektywy i wyzwania; Monachium 10 - 14.03.2008. Poster: Zyprych J., Siatkowski I.„Analyse von Strukturbloecken mit Nachbarschaftseffekten”
6. The 38th International Biometrical Colloquium, Poster i publikacja: Zyprych J., Siatkowski I.: “Przeglad analiz stosowanych w eksperymencie mikromacierzowym”, Warszawa, 8-11.09.2008.
7. International Study Group Mathematics with Industry 2009 - Workshop 29; Wageningen, Holandia 26.01.2009 - 31.01.2009– udział w warsztatach
8. MAT-TRIAD'09 , March 23-27, 2009 w Będlewie - Analysis of cDNA microarray experiments - Idzi Siatkowski and Joanna Zyprych – poster
9. XXXIX Międzynarodowe Colloquium Biometryczne, 6-10 września 2009 r. Kazimierz Dolny nad Wisłą. - Siatkowski Idzi, Goszczurna Teresa, Szabelska Alicja, Zyprych Joanna “Coefficients of dissimilarity and similarity with applications”- poster, Siatkowski Idzi, Zyprych Joanna, Handschuh Luiza, Figlerowicz Marek “The methods of normalization used in the analysis of two-color microarrays” – poster + praca
10. ROeS Seminar 2009, 14 – 17 września 2009 r. Linz (Austria) - Joanna Zyprych“The Methods of Analysis in cDNA Microarray Experiments” - referat zaproszony.
11. XII Międzynarodowe Warsztaty dla Młodych Matematyków "Rachunek Prawdopodobieństwa i Statystyka", 20-26 września 2009 r. Kraków.
12. Warszawski Zlot użytkowników R 2.0, Uniwersytet Warszawski, 3-4 października 2009 r. Warszawa. – "Problemy spotkane na drodze analizy danych mikromacierzowych" – referat.
13. Mikromacierze w badaniu ekspresji genów: Narzędzie w naukach podstawowych i klinicznych. „Badanie profilu ekspresji genów u chorych na ostrą białaczkę szpikową”Luiza Handschuh, Barbara Cegielska, Maciej Kaźmierczak, Joanna Zyprych, Krzysztof Lewandowski, Idzi Siatkowski, Mieczysław Komarnicki, Marek Figlerowicz, 18-20 listopada 2009. Gliwice. Referat –współautorstwo.
14. XXXV Konferencja Statystyka Matematyczna, Wisła, 07-11 grudzień 2009, “Wybrane testy statystyczne w selekcji genów”, Siatkowski I., Szabelska A., Zyprych J. Współautorstwo referatu.
15. International Study Group Mathematics with Industry 2010 - Workshop 30; - udział w warsztatach zakończony publikacją: “Modeling and optimization of algae growth” Thornton A., Szabelska A., Zyprych J. et all.- Amsterdam, Holandia 25.01.2009 - 29.01.2010
16. 14th Quantitative Trait Locus and Marker Assisted Selection Workshop, Poznań, 17-18 maj 2010 - udział w konferencji.
- “Overview of growth models in R”, Szabelska A., Siatkowski M., Goszczurna T., Zyprych J. (POSTER - współautorstwo)
- “Analiza zróżnicowania genetycznego odmian i klonów koniczyny białej (Trifolium Repens L.) przy użyciu markerów molekularnych”, Tomkowiak A., Szabelska A., Zyprych J., Broda Z., Siatkowski I. (POSTER - współautorstwo)
- “Morfological analysis of inflorescence mutants inalfalfa (Medicago sativa L.sl.) with the respect to seed yield traits”, Weigt D., Alicja Szabelska A., Zyprych J., Siatkowski I., Broda Z., Będlewo, 29-02 września 2009 roku. (POSTER - współautorstwo)
- “Gene’s selection based on statistical tests”, Zyprych J., Szabelska A., Siatkowski I.(POSTER - współautorstwo)
17. XXXX Międzynarodowe Colloquium Biometryczne, Będlewo, 29-02 wrzesień 2009.
18. Bioconductor European Developers' Workshop, Manchester, 8-9 grudnia 2011.
19. Kongres Statystyki Polskiej, Poznań, 18-20.04.2012. Joanna Zyprych-Walczak, Alicja Szabelska, Idzi Siatkowski - Metody selekcji genów uwzględniające korelację pomiędzy genami - prezentacja
Publikacje w czasopismach z listy filadelfijskiej i monografie
1. Piekarska-Boniecka H., Siatkowski I, Zyprych J. (2010). Model for bionomy of privet sawfly (Macrophya punctumalbum L.). Acta Sci. Pol., Hortorum Cultus 9(3), 161-166 (wg punktacji MniSzW – 9 pkt, IF: 0,547).
2. Schmidt M. T., Handschuh L., Zyprych J., Szabelska A., Olejnik-Schmidt K. A., Siatkowski I., Figlerowicz M. (2011). Impact of DNA microarray data transformation on gene expression analysis — comparison of two normalization methods. Acta Biochimica Polonica 58(4), 573 – 580 (wg punktacji MniSzW – 20 pkt, IF: 1,234).
3. Okoniewski M.J, Lesniewska A., Szabelska A., Zyprych-Walczak J., Ryan M., Wachtel M., Morzy T., Schäfer B., Schlapbach R. (2011). Preferred analysis methods for single genomic regions in RNA sequencing revealed by processing the shape of coverage.Nucleic Acids Research. doi: 10.1093/nar/gkr1249 (wg punktacji MniSzW – 32 pkt,IF: 7,836).
4. Uszczyńska B., Zyprych-Walczak J., Handschuh L., Szabelska A., Kaźmierczak M., Woronowicz W., Kozłowski P., Sikorski M.M., Komarnicki M., Siatkowski I., Figlerowicz M. (2013). Analysis of boutique arrays: A universal method for the selection of the optimal data normalization procedure. International Journal of Molecular Medicine 32(2): 668-84. (wg punktacji MniSzW – 20 pkt,IF: 2,7)
5. Zyprych-Walczak J., Szabelska A., Handschuh L., Górczak K., Klamecka K., Figlerowicz M., Siatkowski I. (2015). The Impact of Normalization Methods on RNA-Seq Data Analysis. BioMed Research International [Journal of Biomedicine and Biotechnology].http://dx.doi.org/10.1155/2015/ 621690. (wg punktacji MniSzW – 25 pkt,IF: 2,583).
6. Piekarska-Boniecka H., Siatkowski I., Zyprych-Walczak J., Trzciński P., Rzańska-Wieczorek M. (2017). The phenology of occurrence of dominant predatory Syrphidae (Diptera) species in apple orchards and on their edges. Acta Sci. Pol. Hortorum Cultus, 16(1), 23–38. (wg punktacji MniSzW – 20 pkt, IF: 0,550).
7. Siatkowski, I., Zyprych-Walczak, J. (2018). R w analizie statystycznej dla przyrodników. Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, Poznań, Poland. ISBN 978-83-7160-899-5, ss.121.
8. Piekarska-Boniecka H., Zyprych-Walczak J., Siatkowski I., Dolańska-Niedbała E., Trzciński P., Rzańska-Wieczorek M., Tran Dinh D. (2018). The Impact of Apple Orchard Edge Plants on Communities of Pimplinae (Hymenoptera, Ichneumonidae). J. Entomol. Res. Soc., 20(2): 43–59. (wg punktacji MniSzW – 15 pkt, IF: 0,293)
9. Piekarska-Boniecka, H., Zyprych-Walczak, J., Rzańska-Wieczorek, M., Tran Dinh, D., Siatkowski, I. (2018). The number and abundance of ichneumonidae (Hymenoptera, Apocrita) subfamilies occurring in apple orchards and on their edges. Acta Sci. Pol. Hortorum Cultus, 17(2), 93–103. DOI: 10.24326/asphc. 2018.2.8. (wg punktacji MniSzW – 20 pkt, IF: 0,550).
10. Obrępalska-Stęplowska A., Zmienko A., Wrzesińska B., Goralski M., Figlerowicz M., Zyprych-Walczak J., Siatkowski I., Pospieszny H. (2018). The Defense Response of Nicotiana benthamiana to Peanut Stunt Virus Infection in the Presence of Symptom Exacerbating Satellite RNA. Viruses 10(9), 449. https://doi.org/10.3390/v10090449. (wg punktacji MniSzW – 20 pkt, IF: 3,353)
11. Leśniewska A., Zyprych-Walczak J., Szabelska-Beręsewicz A., Okoniewski M. J. (2018). Genes sharing the protein family domain decrease the performance of classification with RNA-seq genomic signatures. Biology Direct, 13 (1), 3, doi: 10.1186/s13062-018-0205-x. (wg punktacji MniSzW – 35 pkt, IF: 2,856)
12. Beręsewicz M., Alvarez A., Biecek P., Dyderski M. K., Kosiński M., Nowosad J., Rotter K., Szabelska-Beręsewicz A., Szymkowiak M., Wawrowski Ł., Zyprych-Walczak J. (2017). Conference Report: European R Users Meeting 2016. The R Journal, 9 (1), 501-504. (wg punktacji MniSzW – 30 pkt, IF: 1,075)
Publikacje w czasopismach spoza listy filadelfijskiej oraz artykuły w materiałach konferencyjnych
1. Bijvank M., Byrka J., Olejniczak T., Zyprych J., Świst T. et all. (2007). Cabin crew rostering at KLM: optimization of reserves. Proceedings of the 58th European Study Group Mathematics with Industry, 27-44.
2. Hochstenbach M., Hoede K., Meinsma G., Meijer H., Zyprych J. I in. (2008). Neutral spike sorting with spatio-temporal features. Proceedings of the 59th European Study Group Mathematics with Industry.
3. Siatkowski I., Zyprych J. (2008). Przegląd analiz stosowanych w eksperymencie mikromacierzowym. Colloquium Biometricum, 38, 231-246 (wg punktacji MniSzW – 6 pkt).
4. Marczyńska, Szczepańska, Zyprych, Zimmer, Doeswijk T. (2009). An objective method to associate local weather extremes with characteristic circulation structures. Proceedings of the 59th European Study Group Mathematics with Industry.
5. Siatkowski I., Zyprych J., Handschuh L., Figlerowicz M. (2009). The methods of normalization used in the analysis of two-color microarrays. Colloquium Biometricum 39, 9-19 (wg punktacji MniSzW – 6 pkt).
6. Thornton A., Szabelska A., Zyprych J. at all., (2010). Modeling and optimization of algae growth. Proceedings of the 72th European Study Group Mathematics with Industry, 54-83.
4. Siatkowski I., Goszczurna T., Szabelska A., Zyprych J. (2010). Współczynniki podobieństwa i niepodobieństwa w zastosowaniach. Colloquium Biometricum, 40, 13-23 (wg punktacji MniSzW – 6 pkt).
5. Szabelska A., Siatkowski M., Goszczurna T., Zyprych J. (2010). Comparison of growth models in package R. Nauka Przyroda Technologia 4, 4, #50 (wg punktacji MniSzW – 6 pkt).
6. Piekarska-Boniecka H., Siatkowski I., Zyprych J. (2010). Comparison of the collecting of the parasitoids belonging to the Pimplinae subfamily (Hymenoptera, Ichneumonidae). Polish Journal of Entomology 79(3), 283-290 (wg punktacji MniSzW – 6 pkt).
7. Siatkowski M., Szabelska A., Zyprych J. Weres J., Kujawa S. (2010). Growth curve functions in modeling the thin-layer drying of corn. Agricultural Engineering 6(124), 89-95 (wg punktacji MniSzW – 2 pkt).
8. Zyprych-Walczak J., Szabelska A., Siatkowski I. (2011). Application of statistical tests in gene selection problems. Biometrical Letters 48(2), 113-121 (wg punktacji MniSzW – 8 pkt).
9. Tomkowiak A., Szabelska A., Zyprych J., Broda Z., Siatkowski I. (2012). Analiza zróżnicowania genetycznego odmian, klonów koniczyny białej (Trifolium Repens L.) przy użyciu markerów molekularnych. Nauka Przyroda Technologie 6, 4, #79 (wg punktacji MniSzW – 5 pkt).
10 Szabelska A., Zyprych-Walczak J., Siatkowski I. (2012). Application of linear mixed models in the selection of genes from microarray experiments with repeated measurements. Colloquium Biometricum 42, 103-109. (wg punktacji MniSzW – 5 pkt).
11. Tomkowiak A., Weigt D., Broda Z., Mikołajczyk S., Szabelska A., Zyprych J., Siatkowski I. (2013). Analiza związku pomiędzy podobieństwem genetycznym a fenotypowym mutantów kwiatostanu lucerny. Nauka Przyroda Technol. 7, 3, #34. (wg punktacji MniSzW – 5 pkt).
12. Górczak K., Klamecka K., Szabelska A., Zyprych – Walczak J., Siatkowski I. (2014). Graphical methods for differential analysis of rna-seq data. Colloquium Biometricum 44, 167-181. (wg punktacji MniSzW – 5 pkt).
13. Szenajch J., Góralski M., Swiercz A., Szabelska A., Zyprych-Walczak J., Synowiec A., Siatkowski I., Handschuh L. (2016). Zmiany w ekspresji szlaków sygnałowych uczestniczące w wykształcaniu nabytej w obecności erytropoetyny oporności na cisplatyna i paklitaksel w komórkach ludzkiego raka jajnika. Nowotwory 66(2), 50. ID: 1824. (wg punktacji MniSzW – 9 pkt).
14. Różańska-Zawieja J., Szabelska-Beręsewicz A., Sobek Z., Nienartowicz-Zdrojewska A., Zyprych-Walczak J., Siatkowski I.(2017). Wpływ wielkości grup ojcowskich i stad na optymalną ocenę współczynnika odziedziczalności długości ciąży u bydła. Roczniki Naukowe Polskiego Towarzystwa Zootechnicznego 13(1), 9–17. (wg punktacji MniSzW – 7 pkt).
