Bioinformatyka
Kierownik
Pracownicy
Dr inż. Joanna Zyprych-Walczak, adiunkt
Dr Alicja Szabelska-Beręsewicz, adiunkt
Mgr inż. Jakub Chudzik, starszy specjalista
Mgr inż. Tomasz Sassek, starszy specjalista
Informacje o Zakładzie Bioinformatyki (lata 2006 - 2017)
Zakład Bioinformatyki (ZB) powstał 1 października 2006 roku. Od początku istnienia (ZB), jego kierownikiem jest prof. dr hab. Idzi Siatkowski, prof. nadzw. UP zatrudniony w Katedrze Metod Matematycznych i Statystycznych od 1980 roku. W Zakładzie pracują: na stanowisku adiunkta dr Joanna Zyprych-Walczak (od 2011 roku), dr Alicja Szabelska (od 2013 roku), oraz grupa specjalistów informatyków: Marek Kwiatkowski (od 1973), mgr inż. Jakub Chudzik (od 2005) oraz mgr inż. Tomasz Sassek (od 2010). W Zakładzie pracuje również doktorantka mgr Katarzyna Górczak.
Dzisiejszy Zakład Bioinformatyki wywodzi się z istniejącego od 1971 roku Ośrodka Obliczeniowego, który działał w ramach Zakładu Metod Matematycznych i Statystycznych.
W lutym 1972 roku zainstalowano w Zakładzie elektroniczną maszynę cyfrową ODRA 1204. Maszyna ODRA wykorzystywana była do prac związanych z programowaniem maszyn cyfrowych i do prac usługowych na rzecz pracowników naszej Uczelni oraz innych uczelni, instytutów i jednostek badawczych, z którymi nawiązywana była szeroka współpraca. Dzięki temu w latach siedemdziesiątych zaczął się rozwijać nowy kierunek badań: zastosowanie elektronicznej techniki obliczeniowej w analizie statystycznej danych doświadczalnych. W Katedrze powstały pierwsze programy na elektroniczne maszyny cyfrowe dla potrzeb doświadczalnictwa rolniczego i biometrii. Utworzona została biblioteka algorytmów elektronicznej techniki obliczeniowej. Algorytmy publikowane były w Rocznikach Akademii Rolniczej w Poznaniu. W ramach tego czasopisma została uruchomiona w 1972 roku seria wydawnicza „Algorytmy biometryczne i statystyczne”. Łącznie wydano 16 numerów ABSów w których opublikowano aż 160 algorytmów wraz z gotowymi programami i procedurami obliczeniowymi, które przyczyniły się do większego stosowania metod statystycznych w doświadczalnictwie rolniczym i innych badaniach naukowych.
Obok działalności dydaktycznej Zakład organizował dla pracowników naukowych Uczelni kursy programowania i kursy informacyjne, dotyczące użytkowania maszyny cyfrowej ODRA 1204. Pracownicy udzielali konsultacji na temat metodyki i elektronicznego przetwarzania danych doświadczalnych oraz planowania i analizy wyników doświadczeń z uwzględnieniem najnowszych możliwości, jakie daje elektroniczna maszyna cyfrowa.
Obecnie, Pracownicy Zakładu Bioinformatyki prowadzą badania naukowe dotyczące zastosowania statystyki i informatyki w genetyce, ze szczególnym uwzględnieniem analiz statystycznych danych mikromacierzowych. Publikują prace o układach wierszowo-kolumnowych i innych układach blokowych. Prowadzą badania naukowe dotyczące bioróżnorodności. Opracowują metody statystyczne wraz z oprogramowaniem dotyczącym zastosowania grafiki komputerowej w statystyce oraz prowadzą prace nad pakietem statystycznym analizującym doświadczenia genetyczne.
Współpraca międzynarodowa prowadzona jest z Institute for Genomic and Bioinformatics Graz University of Technology, University of the Health Sciences w Waszyngtonie, Univestity of Zurich oraz z Tampere University w Finlandii.
Współpraca krajowa prowadzona jest z CENAT IChB PAN w Poznaniu, Katedrą Genetyki i Hodowli Roślin UP w Poznaniu oraz Katedrą Entomologii UP w Poznaniu.
Prof. dr hab. Idzi Siatkowski
