Co oznacza skrot QTL?

Geny jakich cech moga byc interesujace dla hodowcow swin?

Narysuj schemat ukladu doswiadczalnego F2. Zaznacz przy kazdym pokoleniu jakie
dane potrzebujemy (rodowodowe, genotypowe, fenotypowe). Zaproponuj konkretne
rasy swin do mapowania genow otluszczenia.

Czy w ukladzie F2 mozna wykryc QTL odpowiadajace za roznice wewnatrzrasowe czy
miedzyrasowe? Uzasadnij odpowiedz.

Wzgledem czego bedziesz mapowal QTL?

Odwiedz baze danych o markerach genetycznych swini (www.animalgenome.org). 
- Korzystajac z PIGMAP Viewer narysuj mape sprzezeniowa chromosomu 1.
- Jaka jest calkowita dlugosc genetyczna tego chromosomu (w cM)?
- Ile markerow jest znanych i ma znana lokalizacje na tym chromosomie?
- Czy umialbys odczytac startery reakcji PCR dla markera SW781?

Zapoznaj sie z formatem danych QTLExpress (http://qtl.cap.ed.ac.uk/), 
a nastepnie z zawartoscia danych cwiczeniowych (F2.gen, F2.map, F2.fen).
- Ile jest przedstawicieli rasy A i rasy B?
- Ktory chromosom bedziemy skanowac?
- Iloma markerami dysponujemy?
- Jakie sa odleglosci miedzy markerami?
- Czy sa to mikrosatelity czy SNP?
- Ile cech fenotypowych mozemy analizowac?
- Czy cecha jest ograniczona do plci?
- Jaki dodatkowy czynnik (oprocz QTL) mozemy uwzglednic w modelu
statystycznym by zwiekszyc adekwatnosc modelu?
- Zidentyfikuj rodzicow i dziadkow osobnika 170. Zapisz genotypy w locus m3
osobnika 170 i jego przodkow. Jaki fenotyp obserwowano dla osobnika 170?


Wykonaj skanowanie genomu.
- Jaka jest prawdopodobna lokalizacja QTL w cM? Miedzy ktorymi markerami
sie znajduje?
- Ile wynosi maksymalny iloraz wiarogodnosci?
- Wyznacz wartosc krytyczna dla tego chromosomu metoda permutacji. Jaka to
wartosc? Czy istnieja dostateczne dowody na istnienie QTL?
- Jaka jest wartosc addytywna i dominacyjna. Oszacuj wspolczynnik dominacji.
- Oblicz wariancje spowodowana segregacja alleli w QTL. Za jaka czesc
wariancji fenotypowej odpowiada zmapowany gen?
- Czy geny pochodzace od rasy A zwiekszaja czy zmniejszaja wartosc cechy?