Zebrane w książce przykłady analiz DNA powstały na podstawie dwudziestoletniego doświadczenia wynikającego z przeprowadzenia szkół letnich POSTĘPY BIOLOGII MOLEKULARNEJ w latach 1989-2008. W Szkołach uczestniczyło ponad 800 osób reprezentujących m.in. wyższe uczelnie, instytuty badawcze i służby państwowe. Doświadczenia przedstawione w książce „Analiza DNA — teoria i praktyka” wykonane zostały przez młodych pracowników nauki i łatwo mogą być powtórzone. Unikatową wartość stanowią przykłady wyników uzyskanych z zastosowaniem opisanych metod. Całość opracował prof. dr hab. Ryszard Słomski, pod którego kierunkiem kształciło się wielu autorów tej książki. Ryszard Słomski jest profesorem zwyczajnym, kierownikiem Katedry Biochemii i Biotechnologii Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, zastępcą dyrektora ds. naukowych w Instytucie Genetyki Człowieka PAN w Poznaniu, biegłym sądowym z zakresu genetyki człowieka oraz specjalistą z zakresu genetyki laboratoryjnej. Profesor Słomski jest w kraju pionierem badań DNA dla potrzeb diagnostycznych oraz prekursorem upowszechnienia diagnostyki molekularnej. Jako pierwszy wykonał badania z zakresu odcisku genetycznego i amplifikacji DNA metodą PCR. Obecnie zajmuje się diagnostyką molekularną chorób genetycznych, charakterystyką nowych genów człowieka, biotechnologią, badaniami medyczno-sądowymi i badaniem DNA z wykopalisk.
SPIS TREŚCI
|
Diagnostyka molekularna Ryszard Słomski, Marlena Szalata, Karolina Wielgus |
17-23 |
|
Poznanie genomu człowieka i perspektywy analiz DNA Ryszard Słomski, Marlena Szalata, Karolina Wielgus |
24-29 |
|
Nazewnictwo wariantów sekwencji DNA, RNA i białek Marlena Szalata, Ryszard Słomski |
30-40 |
|
Pobieranie materiału biologicznego. Przechowywanie i przewożenie próbek Ryszard Słomski |
41-43 |
|
Izolacja DNA Ryszard Słomski, Marlena Szalata, Łukasz Wolko, Karolina Wielgus |
44-53 |
|
Izolacja RNA Ryszard Słomski, Daniel Lipiński |
54-60 |
|
Ilościowa i jakościowa ocena preparatów DNA i RNA Ryszard Słomski |
61-64 |
|
Elektroforeza kwasów nukleinowych Ryszard Słomski, Marlena Szalata, Bogdan Walkowiak |
65-81 |
|
Barwienie DNA srebrem Marta Kaczmarek, Justyna Hoppe-Gołębiewska, Ryszard Słomski |
82-84 |
|
Enzymy restrykcyjne, hydroliza genomowego DNA i przygotowywanie końców DNA do klonowania Barbara Siemieniako, Marta Kaczmarek, Ryszard Słomski |
85-98 |
|
Hybrydyzacja DNA z sondami molekularnymi. Metoda Southerna Barbara Siemieniako, Katarzyna Nuc, Ryszard Słomski |
99-113 |
|
Odcisk genetyczny Ryszard Słomski, Magdalena Słomska, Karolina Wielgus |
114-124 |
|
Hybrydyzacja typu northern Katarzyna Nuc, Ryszard Słomski |
125-130 |
|
Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR) Ryszard Słomski, Marlena Szalata, Karolina Wielgus |
131-143 |
|
Metoda odwrotnej reakcji PCR (IPCR). Oznaczanie sekwencji oskrzydlających gen Dorota Narożna, Jolanta Schneider, Cezary J. Mądrzak |
144-147 |
|
Amplifikacja całego genomu (WGA) Daniel Lipiński, Marlena Szalata, Joanna Zeyland, Ryszard Słomski |
148-151 |
|
Charakterystyka regionów DNA o częściowo znanej strukturze Daniel Lipiński, Marlena Szalata, Ryszard Słomski |
152-155 |
|
Klonowanie produktów PCR Daniel Lipiński, Joanna Zeyland, Wojciech Juzwa, Ryszard Słomski |
156-164 |
|
Identyfikacja transformantów bakteryjnych metodą kolonijnej reakcji PCR Dorota Narożna, Cezary J. Mądrzak |
165-168 |
|
PCR w czasie rzeczywistym Daniel Lipiński, Joanna Zeyland, Ryszard Słomski |
169-175 |
|
Synteza cDNA na matrycy całkowitego RNA Aleksandra Korcz, Daniel Lipiński, Joanna Mikołajczyk-Stecyna, Ryszard Słomski |
176-182 |
|
Przygotowywanie i przeszukiwanie bibliotek cDNA Katarzyna Nuc, Ryszard Słomski |
183-188 |
|
Biblioteki DNA konstruowane z minimalnej ilości materiału Łukasz Wolko, Ryszard Słomski |
189-194 |
|
Wykrywanie mutacji punktowych i polimorfizmu DNA metodą SSCP Marta Kaczmarek, Justyna Hoppe-Gołębiewska, Ryszard Słomski |
195-202 |
|
Wykrywanie mutacji metodą heterodupleksów Andrzej Pławski, Marta Podralska, Ryszard Słomski |
203-208 |
|
Wykrywanie mutacji metodą DHPLC Andrzej Pławski, Marta Podralska, Ryszard Słomski |
209-212 |
|
Dideoksy fingerprinting (DDF) Andrzej Pławski, Marta Podralska, Ryszard Słomski |
213-219 |
|
PCR multipleks Marta Kaczmarek, Justyna Hoppe-Gołębiewska, Ryszard Słomski |
220-224 |
|
Wykrywanie delecji i duplikacji metodą MLPA Andrzej Pławski, Marta Kaczmarek, Marta Podralska, Justyna Hoppe-Gołębiewska, Ryszard Słomski |
225-229 |
|
Diagnostyka molekularna chromosomu Y Aleksandra Korcz, Ryszard Słomski |
230-234 |
|
Analiza powtórzeń minisatelitarnych w DNA Ryszard Słomski |
235-241 |
|
Analiza powtórzeń dinukleotydów (CA)n Ryszard Słomski, Andrzej Pławski, Marlena Szalata |
242-247 |
|
Analiza powtórzeń trinukleotydów Ryszard Słomski, Marta Kaczmarek, Marlena Szalata |
248-255 |
|
Poszukiwanie powtórzeń trinukleotydów w genomie człowieka Marta Kaczmarek, Ryszard Słomski |
256-265 |
|
Analiza powtórzeń tetranukleotydów Ryszard Słomski, Karolina Wielgus, Mariusz Nawrocki, Marta Podralska, Marta Kaczmarek, Andrzej Pławski, Małgorzata Waszak, Krystyna Cieślik |
266-272 |
|
Badania DNA w medycynie sądowej Ryszard Słomski |
273-279 |
|
Polimorfizm insercyjno-delecyjny genu konwertazy angiotensynowej (ACE) Joanna Mikołajczyk-Stecyna, Aleksandra Korcz, Marcin Gabriel, Katarzyna Pawlaczyk, Miłosława Zowczak-Drabarczyk, Grzegorz Oszkinis, Ryszard Słomski |
280-289 |
|
Polimorfizm genu reduktazy metylenotetrahydrofolianowej (MTHFR) Ewa Strauss, Krzysztof Waliszewski, Andrzej Pawlak, Ryszard Słomski |
290-299 |
|
Polimorfizm genu dehydrogenazy alkoholowej (ADH3) Andrzej Pławski, Marta Podralska, Ryszard Słomski |
300-305 |
|
Wykrywanie mutacji i polimorfizmów genu DMD metodą PCR-RFLP Marta Kaczmarek, Justyna Hoppe-Gołębiewska, Dobrawa Napierała, Ryszard Słomski |
306-310 |
|
Przykłady genotypowań Robert Kalak, Natalia Drwęska, Marlena Szalata, Ryszard Słomski, Anna Wawrzyniak, Michalina Marcinkowska, Liliana Celczynska-Bajew, Wanda Horst-Sikorska |
311-321 |
|
Analiza występowania patogenów bakteryjnych w kieszonkach przyzębnych Agnieszka Kręgielczak, Robert Kalak, Janina Stopa, Ryszard Słomski |
322-331 |
|
Wykrywanie Helicobacter pylori metodą PCR Antonina Lorenz, Agnieszka Kręgielczak, Robert Kalak, Ryszard Słomski |
332-335 |
|
Zastosowanie techniki RAPD-PCR do analizy porównawczej izolatów Fusarium avenaceum Barbara Golińska, Dorota Narożna, Joanna Króliczak, Cezary J. Mądrzak |
336-342 |
|
Poszukiwanie markerów cech użytkowych metoda RAPD-PCR Łukasz Wolko, Barbara Siemieniako, Karolina Wielgus, Hanna Witucka-Wall, Ryszard Słomski |
343-347 |
|
Polimorfizm genu syntazy kwasu tetrahydrokannabinoilowego (THCA) konopi Cannabis sativa L. Karolina Wielgus, Joanna Przewoźna |
348-356 |
|
Polimorfizm mitochondrialnego DNA człowieka Karolina Wielgus, Marlena Szalata, Ryszard Słomski |
357-368 |
|
Test terminacji translacji (PTT) Andrzej Pławski, Daniel Lipiński, Ryszard Słomski |
369-376 |
|
Analiza międzygatunkowej homologii DNA i białka Piotr Gronek, Dariusz Brzeziński, Katarzyna Nuc, Ryszard Słomski |
377-382 |
|
Archeologia molekularna Ryszard Słomski, Alexander M. Dzieduszycki, Daniel Lipiński, Marlena Szalata, Karolina Wielgus, Joanna Zeyland, Zdzisław Smorąg, Hieronim Frąckowiak, Mirosław S. Ryba |
383-389 |
|
Analiza sekwencji mitochondrialnego DNA z materiału wykopaliskowego Karolina Wielgus, Daniel Lipiński, Alexander M. Dzieduszycki, Mirosław Ryba, Ryszard Słomski |
390-398 |
|
Przygotowanie produktów PCR do sekwencjonowania Daniel Lipiński, Andrzej Pławski, Ryszard Słomski |
399-404 |
|
Sekwencjonowanie DNA Ryszard Słomski, Katarzyna Nuc, Andrzej Pławski, Daniel Lipiński, Łukasz Wolko |
405-418 |
|
Sekwencjonowanie DNA - elektroforeza płytowa Łukasz Wolko, Katarzyna Nuc, Robert Kalak, Andrzej Pławski, Ryszard Słomski |
419-428 |
|
Sekwencjonowanie DNA – elektroforeza kapilarna Ryszard Słomski, Andrzej Pławski |
429-434 |
|
Pirosekwencjonowanie – sekwencjonowanie w czasie rzeczywistym Ryszard Słomski, Marta Kaczmarek, Justyna Hoppe-Gołębiewska, Marlena Szalata |
435-443 |
|
Analiza asocjacji w poszukiwaniu genów chorób uwarunkowanych wielogenowo Robert Kalak, Natalia Drwęska, Ryszard Słomski, Anna Wawrzyniak, Michalina Marcinkowska, Liliana Celczynska-Bajew, Wanda Horst-Sikorska |
444-452 |
|
Analiza uwarunkowań genetycznych sportowców Piotr Gronek, Joanna Lehmann, Emilia Gumna |
543-461 |
|
Porównanie ekspresji genów na poziomie transkrypcji metodą różnicową Daniel Lipiński, Krzysztof Waliszewski, Andrzej Pławski, Ryszard Słomski |
462-467 |
|
Ocena ekspresji genów z zastosowaniem mikro- i makromacierzy cDNA Aleksandra Korcz, Joanna Mikołajczyk-Stecyna, Katarzyna Pawlaczyk, Marcin Gabriel, Grzegorz Oszkinis, Krzysztof Waliszewski, Ryszard Słomski |
468-473 |
|
Ekspresja eukariotycznych genów w bakteriach Daniel Lipiński, Andrzej Pławski, Joanna Zeyland, Ryszard Słomski |
474-478 |
|
Ukierunkowana mutageneza z zastosowaniem megastartera Daniel Lipiński, Andrzej Pławski, Ryszard Słomski |
479-483 |
|
Analiza modyfikowanych nukleozydów metodą chromatografii cienkowarstwowej Marlena Szalata, Aleksander Broszkiewicz, Mirosława Z. Naskręt-Barciszewska, Ryszard Słomski |
484-490 |
|
Analiza metylacji DNA Aleksander Broszkiewicz, Marlena Szalata, Anita Bigos, Antonina Lorenz, Mirosława Z. Naskręt-Barciszewska, Ryszard Słomski |
491-502 |
|
Elektroforeza białek w żelu poliakryloamidowym Marlena Szalata, Andrzej Pławski, Ryszard Słomski |
503-511 |
|
Oczyszczanie rekombinowanych białek Marlena Szalata, Daniel Lipiński, Andrzej Pławski, Joanna Zeyland, Ryszard Słomski |
512-520 |
|
Dwukierunkowa elektroforeza białek Marlena Szalata, Ryszard Słomski |
521-529 |
|
Wykrywanie małych ilości białek metodą hybrydyzacji western blot Jolanta Opiela, Lucyna Kątska-Książkiewicz, Zdzisław Smorąg |
530-536 |
|
Mapowania genów z zastosowaniem fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH) Ewa Mały, Daniel Lipiński, Anna Woźniak, Lucyna Kątska-Książkiewicz, Zdzisław Smorąg, Ryszard Słomski |
537-543 |
|
Przyżyciowe wykrywanie apoptozy w komórkach somatycznych Maria Skrzyszowska, Marcin Samiec |
544-548 |
|
Analiza pęknięć nici DNA metodą elektroforezy pojedynczych komórek (comet assay) Paweł Jałoszyński |
549-554 |
|
Ocena fragmentacji DNA plemników metodą SCSA Michał Bochenek |
555-559 |
|
Wykrywanie fragmentacji DNA metodą TUNEL Magdalena Bryła, Monika Trzcińska, Zdzisław Smorąg |
560-563 |
|
Analiza aberracji chromosomowych w chorobach nowotworowych metodą porównawczej hybrydyzacji genomów (CGH) Maciej Kujawski |
564-567 |
|
Metoda array-CGH Maciej Giefing |
568-573 |
